在許多溫室生產(chǎn)過(guò)程中，土壤被薄膜覆蓋，得不到陽(yáng)光和雨水。由于植物結構單一，容易造成土壤養分失衡，影響植物的產(chǎn)量和質(zhì)量。這是目前溫室種植面臨和需要解決的問(wèn)題。利用肥料養分檢測儀可以對溫室土壤養分進(jìn)行分析。研究發(fā)現，在相同施肥量下，溫室生產(chǎn)的表土含鹽量是露地生產(chǎn)的4倍。由于溫室生產(chǎn)中施用的肥料不會(huì )因雨水淋溶而流失，所以除了很少一部分被當季作物吸收外，所有未使用的養分都留在土壤中。
因此，在相同施肥量的條件下，土壤溶液的濃度遠遠高于露地栽培，由于毛細作用，土壤水分向上移動(dòng)，導致表土中鹽分濃度升高，導致溫室產(chǎn)生的土壤鹽堿化。蔬菜等園藝作物種植在含鹽量高的土壤中時(shí)，由于土壤溶液滲透壓高，作物根系難以吸收土壤水分和養分，影響作物的正常生長(cháng)。嚴重的話(huà)，秧苗會(huì )燒死。通過(guò)對土壤肥料養分的檢測和分析，還發(fā)現溫室產(chǎn)生的土壤酸度逐漸增加。特別是連續多年進(jìn)行的溫室生產(chǎn)，土壤中殘留的氮素在微生物的作用下以硝酸的形式積累。實(shí)踐表明，經(jīng)過(guò)多年連續施用硫酸肥、氯化肥等生理酸性肥料，土壤酸化迅速，PH值明顯下降，對蔬菜等園藝作物的栽培構成土壤障礙。溫室種植有機肥是纖維素含量高，即碳氮比高的有機肥。
當化肥用作基肥時(shí)，應進(jìn)行深施。將化肥和有機肥混合施于地表，然后進(jìn)行翻耕，使大部分肥料施于表土以下，避免表土含鹽量過(guò)度增加。追肥一般難以深施，應嚴格控制用量，增加追肥次數，以滿(mǎn)足蔬菜的營(yíng)養需求。此外，配合土壤肥料測定儀的測定進(jìn)行施肥。